Les progrès dans le séquençage de l'ADN et les grandes quantités de données génomiques produites par la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont créé une opportunité de démarrage pour créer des logiciels pour les biologistes afin qu'ils puissent analyser plus facilement ces mégadonnées et franchir le prochain pas. Cela pourrait aider au développement de nouveaux vaccins, de traitements contre le cancer, etc.
Au cours des quatre dernières années, MiLaboratories, une startup basée à San Francisco avec un centre de R&D à Bilbao, en Espagne, a construit une plateforme de biologie computationnelle pour permettre aux biologistes de traiter, d'analyser et d'agréger plus facilement leurs données. Il intègre des fonctionnalités telles que la visualisation des données et l’IA générative pour améliorer la convivialité.
Sa plate-forme est également conçue pour être un marché pour d'autres scientifiques afin qu'ils puissent distribuer des outils de calcul plus spécialisés sous la forme d'applications afin de continuer à étendre leur utilité pour la communauté de recherche en génomique. Les MiLaboratories ciblent les scientifiques dont les compétences couvrent la biologie, l’informatique et les mathématiques – les soi-disant bioinformaticiens.
« C'est une approche de style 'no code' pour les biologistes et nous publions également un [open source] SDK – kit de développement logiciel – permettant aux bioinformaticiens de créer de véritables applications », a déclaré le PDG Stan Poslavsky à TechCrunch.
« Au cours de ma carrière scientifique et de celle de nos fondateurs, nous avons constaté une énorme inefficacité. . . dans la manière dont les thérapies et les médicaments modernes sont développés », explique-t-il. « En raison de cette friction entre les données – les mégadonnées générées par les biologistes, les données de séquençage – et l'analyse des données qui n'est pas disponible pour eux. »
Bien qu’il existe des « milliers » de logiciels et d’outils capables d’analyser les données NGS, il affirme que la plupart ont été développés dans le milieu universitaire, où l’accent a tendance à être mis sur l’utilité plutôt que sur la convivialité.
Il est également nécessaire que les biologistes regroupent et intègrent les résultats de plusieurs analyses, dit-il. « Dans une image unifiée, permettant de comprendre ce qui se passe. Et c'est là que notre plateforme est d'une grande aide », suggère-t-il.
La startup espère que sa plate-forme libérera les bioinformaticiens du travail fastidieux du traitement des données génomiques afin que ces scientifiques multidisciplinaires puissent appliquer leurs compétences aux tâches plus complexes de création d'algorithmes qui pourraient contribuer à faire progresser la science de pointe.
« Les bioinformaticiens passent en fait beaucoup de temps à faire un travail de singe en faisant fonctionner les logiciels destinés aux biologistes », explique Poslavsky. « Pour traiter ces données, vous devez disposer de machines Linux, passer par SSH, exécuter des outils logiciels complexes pour effectuer l'analyse et obtenir un aperçu des données. »
« [A doctor] n'a aucune compétence pour faire cela sous Linux, sur HPC [high performance computing] cluster, car il a autre chose à faire. Et c’est ce que font en fait la plupart des bioinformaticiens dans les entreprises et dans le monde universitaire, simplement ce travail mensuel consistant à faire fonctionner les outils.
Jeudi, MiLaboratories a officiellement dévoilé son SDK, Platforma.bio, qui permet aux développeurs tiers de contribuer à des applications, bien qu'il soit en test alpha et bêta depuis plusieurs années. (Poslavsky affirme qu'« environ 300 laboratoires » utilisent la version bêta et « environ 20 » applications ont été mises à disposition via la plate-forme jusqu'à présent.)
« Les premières applications disponibles sur la plateforme sont construites autour de nos applications biologiques et bioinformatiques, très appréciées. . . [with] les entreprises et les personnes impliquées dans le développement de l’immunothérapie. Mais nous l'avons déjà fait. . . une bonne sélection de collaborations et de personnes désireuses d'apporter leurs applications sur la plateforme, tant du monde universitaire que de l'industrie », ajoute-t-il.
La startup fondée en 2021 annonce également un cycle de financement de série A de 10 millions de dollars pour poursuivre son développement, en mettant l'accent sur l'investissement dans le développement de la communauté.
« La principale raison de collecter des fonds est simplement de connecter davantage de personnes au développement de notre plateforme. Nous recrutons davantage d'ingénieurs. Nous embauchons ce que l’on appelle des développeurs défenseurs, qui propagent la technologie – principalement – dans la communauté universitaire, car la plupart des logiciels bioinformatiques sont développés dans le milieu universitaire.
« Pour l'année à venir [we will] concentrez-vous sur la propagation de la technologie autour de la communauté et engagez la communauté à créer ses applications, à envelopper ses logiciels existants et à les fournir via la plate-forme », ajoute-t-il.
La série A de MiLaboratories est dirigée par Kfund, basé à Madrid, avec la participation d'Acrobator Ventures, EGB Capital, Courtyard Ventures, Somersault Ventures, Speedinvest et Ten13.
Commentant dans un communiqué, Miguel Arias, associé général de Kfund, a déclaré : « Investir dans des plateformes qui comblent le fossé entre les développeurs (dans ce cas les bioinformaticiens) et les utilisateurs professionnels (dans ce cas les biologistes) est au cœur de ce que nous voulons faire. dans notre fonds. Il existe un énorme potentiel dans la démocratisation de l’accès à des données complexes permettant de fournir des informations immunologiques.
MiLaboratories propose son logiciel gratuitement aux universitaires, mais il génère également des revenus via un modèle payant pour les utilisateurs commerciaux. Selon Poslavsky, la startup approche actuellement les 100 clients payants.
« De nombreuses grandes sociétés pharmaceutiques – comme Moderna, Bristol-Myers Squibb – sont nos clients », note-t-il, ajoutant : « Nous avons des revenus – de bons revenus – qui nous permettent de ne pas être aussi dépendants de l'argent du risque. »
Début 2022, la startup a levé un tour de table de 2,5 millions de dollars. Il recevait également auparavant une petite pré-graine de quelques anges.
Discutant des défis liés au développement de la plate-forme de biologie computationnelle, Poslavsky affirme que la quantité impressionnante de données générées par NGS signifiait que les startups devaient accorder une attention très particulière à l'efficacité du traitement afin d'éviter de générer des « coûts fous ».
« La quantité de données générées dans l’espace est en fait folle », souligne-t-il. « Les grandes sociétés pharmaceutiques, nos clients. . . ils ont généré des pétaoctets de données génétiques jusqu’à présent. C’est donc une échelle énorme.
MiLaboratories a développé ce que Poslavsky qualifie de technologie « très sophistiquée » et « mathématiquement prouvée » qui permet d’effectuer de nombreux types de calculs « d’une manière très optimisée ». Il suggère que cette technologie – qu'elle a brevetée – permet à la plate-forme d'atteindre une efficacité 10 fois supérieure à celle de certains autres types de flux de travail informatique.
« C'est une chose très importante. C’est caché aux yeux du biologiste – parce que la proposition intéressante pour le biologiste est « Je veux cliquer sur des boutons et obtenir un aperçu » – mais c’est très important pour les propriétaires d’entreprise.
Du point de vue de la concurrence, Poslavsky désigne Seqera (et son logiciel Nextflow) comme son rival le plus proche – en termes de popularité et de proposition de valeur. Il existe également des outils open source pour le traitement NGS, tels que Galaxy, mais MiLaboratories estime que sa plate-forme offre aux chercheurs une voie plus accessible vers des informations sur les données.